MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Choleraesuis str. SC-B67 plasmid pSC138

Total Repeats: 445

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006856	GCCG	2	8	12	19	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2	NC_006856	CTC	2	6	33	38	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_006856	CAG	2	6	63	68	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_006856	CAC	2	6	108	113	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_006856	CG	3	6	222	227	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
6	NC_006856	GGA	2	6	243	248	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_006856	GGC	2	6	273	278	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_006856	TGG	2	6	295	300	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_006856	GCC	2	6	319	324	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_006856	TCG	2	6	334	339	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_006856	CAG	2	6	447	452	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_006856	TTC	2	6	880	885	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_006856	TGA	2	6	965	970	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_006856	CGGC	2	8	986	993	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
15	NC_006856	CGGC	2	8	1058	1065	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16	NC_006856	CCT	2	6	3720	3725	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_006856	CG	3	6	3752	3757	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18	NC_006856	TGG	2	6	3779	3784	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_006856	A	6	6	4788	4793	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_006856	GCCG	2	8	5500	5507	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
21	NC_006856	CTC	2	6	5521	5526	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_006856	CAG	2	6	5551	5556	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_006856	CTC	2	6	5735	5740	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_006856	GTC	2	6	5784	5789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_006856	TC	3	6	9480	9485	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_006856	CGT	2	6	9490	9495	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_006856	CAA	2	6	9534	9539	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_006856	GAA	2	6	9543	9548	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_006856	TCA	2	6	9566	9571	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_006856	CG	3	6	9598	9603	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
31	NC_006856	TGCTC	2	10	9606	9615	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_006856	AAC	2	6	9670	9675	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_006856	CCA	2	6	9755	9760	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_006856	AGGCC	2	10	9795	9804	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_006856	TAT	2	6	9814	9819	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_006856	A	8	8	9958	9965	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_006856	CCA	2	6	9967	9972	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_006856	TAA	2	6	10688	10693	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_006856	TCC	2	6	10733	10738	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_006856	TAA	2	6	10759	10764	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_006856	T	6	6	11267	11272	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_006856	GGT	2	6	11341	11346	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_006856	ATC	2	6	11356	11361	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_006856	CAT	2	6	11420	11425	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_006856	ATA	2	6	14664	14669	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_006856	AAT	2	6	14794	14799	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_006856	AT	3	6	15699	15704	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_006856	AGG	2	6	17542	17547	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_006856	GGT	2	6	20199	20204	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_006856	ATC	2	6	20214	20219	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_006856	GGC	2	6	21054	21059	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_006856	CCGTC	2	10	21078	21087	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
53	NC_006856	ATG	2	6	22000	22005	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_006856	AT	3	6	22006	22011	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_006856	GGT	2	6	22059	22064	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_006856	ATC	2	6	22074	22079	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_006856	AGA	2	6	23228	23233	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_006856	AGC	2	6	23269	23274	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_006856	ACG	2	6	23298	23303	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_006856	GCT	2	6	23305	23310	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_006856	GGA	2	6	23332	23337	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_006856	T	7	7	24449	24455	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_006856	AGC	2	6	24481	24486	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_006856	AGC	2	6	24525	24530	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_006856	GCA	2	6	24542	24547	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_006856	TGC	2	6	25101	25106	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_006856	CAC	2	6	25158	25163	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_006856	TTTA	2	8	25175	25182	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_006856	T	6	6	25242	25247	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_006856	GCAAGC	2	12	25310	25321	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_006856	CG	3	6	26307	26312	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
72	NC_006856	TAT	2	6	26387	26392	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_006856	ATA	2	6	26405	26410	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_006856	AT	3	6	26431	26436	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_006856	GCC	2	6	27632	27637	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_006856	GGC	2	6	27715	27720	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_006856	AATCA	2	10	34107	34116	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_006856	TAA	2	6	34126	34131	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_006856	AGC	2	6	34135	34140	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_006856	AGG	2	6	34161	34166	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_006856	CTC	2	6	34226	34231	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_006856	TGA	2	6	35504	35509	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_006856	GTG	2	6	35519	35524	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_006856	ACAAA	2	10	35538	35547	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_006856	TAA	2	6	35598	35603	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_006856	TTTG	2	8	36792	36799	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_006856	TCT	2	6	36831	36836	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_006856	CTT	2	6	36996	37001	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_006856	GTT	2	6	37037	37042	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_006856	A	6	6	37072	37077	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_006856	A	7	7	37149	37155	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_006856	T	7	7	38047	38053	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_006856	TAG	2	6	38279	38284	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_006856	AGC	2	6	39006	39011	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_006856	CGT	2	6	39050	39055	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_006856	GCA	2	6	39103	39108	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_006856	TGGTT	2	10	39113	39122	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_006856	T	6	6	39125	39130	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_006856	GCCGC	2	10	39169	39178	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
100	NC_006856	GCG	2	6	39182	39187	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_006856	TGAA	2	8	39194	39201	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_006856	GTG	2	6	39587	39592	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_006856	GCCGC	2	10	39680	39689	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
104	NC_006856	GCG	2	6	39693	39698	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_006856	CCGA	2	8	40537	40544	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
106	NC_006856	TTG	2	6	40579	40584	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_006856	GGC	2	6	41894	41899	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_006856	CGC	2	6	41930	41935	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
109	NC_006856	AAC	2	6	41936	41941	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_006856	TGC	2	6	41956	41961	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_006856	CTG	2	6	41995	42000	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_006856	TTGAAT	2	12	42013	42024	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_006856	AAC	2	6	42028	42033	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_006856	GCC	2	6	42085	42090	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_006856	GCCGC	2	10	42941	42950	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
116	NC_006856	GCG	2	6	42954	42959	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_006856	GCA	2	6	43650	43655	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_006856	TTG	2	6	43658	43663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_006856	AGGAT	2	10	46301	46310	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
120	NC_006856	GGT	2	6	46497	46502	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_006856	ATC	2	6	46512	46517	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_006856	TTG	2	6	48884	48889	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_006856	TG	3	6	48904	48909	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_006856	GAA	2	6	48940	48945	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_006856	GAC	2	6	49095	49100	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_006856	GCTT	2	8	49107	49114	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_006856	TGA	2	6	49172	49177	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_006856	TGC	2	6	49214	49219	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_006856	ATG	2	6	49239	49244	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_006856	TTA	2	6	49987	49992	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_006856	GCA	2	6	50002	50007	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_006856	GGT	2	6	50044	50049	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_006856	AAT	2	6	50054	50059	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_006856	TG	3	6	50067	50072	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_006856	TTC	2	6	50087	50092	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_006856	TAA	2	6	50115	50120	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_006856	A	6	6	50119	50124	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_006856	AT	3	6	50931	50936	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_006856	AT	3	6	50942	50947	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_006856	T	6	6	50953	50958	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_006856	TA	3	6	50979	50984	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_006856	ATC	2	6	51944	51949	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_006856	A	7	7	52730	52736	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_006856	ATG	2	6	58296	58301	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_006856	ATA	2	6	64940	64945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_006856	CTCC	2	8	65638	65645	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
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186	NC_006856	AT	3	6	68415	68420	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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276	NC_006856	CCGG	2	8	96985	96992	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
277	NC_006856	GCCGC	2	10	97024	97033	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
278	NC_006856	GAAAA	2	10	97080	97089	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
279	NC_006856	A	6	6	97086	97091	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
280	NC_006856	AGTTC	2	10	97116	97125	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
281	NC_006856	CAT	2	6	97566	97571	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
282	NC_006856	T	7	7	97638	97644	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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284	NC_006856	CAA	2	6	97676	97681	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
285	NC_006856	T	8	8	97740	97747	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
286	NC_006856	TCACAT	2	12	97873	97884	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
287	NC_006856	ATG	2	6	97911	97916	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_006856	CAA	2	6	98008	98013	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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291	NC_006856	ATT	2	6	98141	98146	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_006856	CAA	2	6	98218	98223	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
293	NC_006856	ATG	2	6	98264	98269	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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295	NC_006856	CGT	2	6	98509	98514	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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420	NC_006856	GCA	2	6	128723	128728	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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422	NC_006856	GTA	2	6	128818	128823	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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424	NC_006856	TTTA	2	8	129219	129226	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
425	NC_006856	ATT	2	6	134380	134385	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
426	NC_006856	GTG	2	6	134424	134429	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
427	NC_006856	ACA	2	6	134450	134455	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
428	NC_006856	TTGT	2	8	135986	135993	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
429	NC_006856	TCCG	2	8	136991	136998	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
430	NC_006856	GC	3	6	136999	137004	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
431	NC_006856	A	6	6	137010	137015	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
432	NC_006856	TAA	2	6	137077	137082	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
433	NC_006856	TGC	2	6	137125	137130	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
434	NC_006856	ATG	2	6	137150	137155	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
435	NC_006856	TAA	2	6	137587	137592	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
436	NC_006856	TCA	2	6	137768	137773	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
437	NC_006856	GCCG	2	8	137792	137799	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
438	NC_006856	CAC	2	6	137812	137817	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
439	NC_006856	GCC	3	9	137826	137834	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
440	NC_006856	AGT	2	6	137852	137857	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
441	NC_006856	ATG	2	6	137868	137873	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
442	NC_006856	ACT	2	6	137883	137888	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
443	NC_006856	CTT	2	6	137889	137894	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
444	NC_006856	CGGCTG	2	12	137978	137989	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
445	NC_006856	A	6	6	138042	138047	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.